O propósito era simples: “coligir os riquíssimos produtos agrícolas e industriais”.  Num museu agrícola e num jardim de aclimação. Proposto em 1874, o museu, efemeramente chamado ora de Aclimação, ora de Curitiba, foi inaugurado em 25 de setembro de 1876. 

Começou como instituição particular, com apoio do governo, e vocação já para a diversidade, conforme a biografia dos seus fundadores. Agostinho Ermelino de Leão nasceu em Paranaguá, mas teve sua formação superior na Faculdade de Direito do Recife, e foi juiz em Olinda e outras cidades brasileiras. O seu parceiro naquele “negócio arriscoso” de fundar um museu, o médico José Cândido da Silva Murici, era baiano. Nasceu com 600 peças, e logo chamou a atenção fora de Curitiba. Ao visitá-lo em 1880, o imperador D. Pedro II anotou: “tudo muito bem arranjado e curioso”. 

Seis anos após a sua inauguração, o Museu, já chamado de Paranaense, é assumido pelo governo estadual. Esteve presente na Exposição Antropológica Brasileira, no Museu Nacional, em 1882. Houve catálogo, assinado, entre outros, por Luiz de Cemitille e Telêmaco Borba. Em 1939, entrou em outra etapa. Com a nova regulamentação através do decreto n. 8.201, de 22 de fevereiro. O interventor Manuel Ribas festejou o perpétuo, ao afirmar que, na sua gestão, o museu “passou a ter organização definitiva”. Não foi assim. Porém, desde 1936, e por vários anos, sob a direção de José Loureiro Fernandes, viveu tempos de apogeu. Entre 1950 e 1970, ao disponibilizar parte do seu acervo para a criação de outras instituições, assumiu a feição atual, com foco em antropologia, arqueologia e história.

No dia 29 de março de 1955, lia-se, no Diário do Paraná, que “25.000 pessoas visitam anualmente o Museu Paranaense - centro de pesquisas universitárias e atalaia da cultura paranaense”. Contava com as seções de antropologia e etnografia, botânica, cinema educativo, geologia e paleontologia, história e zoologia. Na equipe nomes como Carlos Stellfeld, Vladimir Kozák, Frederico W. Lange, Júlio Moreira, padre Jesus Moure, Frederico Lange de Morretes e Reinhard Maack. Mas, era tão precário o seu estado que o Diário alertava, na reportagem: “é preciso evitar que o museu venha a ruir”. Em 1973, quando do ambicioso “Plano de Ação Cultural do Paraná”, prometia-se-lhe de novo uma sede definitiva, perpétua. Tinham sido seis endereços efêmeros.

Em 2002, o Paranaense fixou-se na sede atual. No São Francisco, além do palácio histórico, o museu dispõe de dois anexos. A área total é de 4.700m2 com espaços para mostras temporárias e de longa duração; e laboratório, auditório, biblioteca e três reservas técnicas. As mais de 500 mil peças provieram de aquisições e doações. Destaque-se a do antigo Museu Coronel David Carneiro e coleções arqueológicas tombadas pelo IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional). Sublinham-se também as coleções de João Américo Peret, Telêmaco Borba, Günther Tessmann, Wanda Hanke e Vladimir Kozák, a qual dado seu relevo passou a integrar o programa Memória do Mundo da UNESCO. 

Em 2019, os 143 anos do Museu Paranaense são celebrados com a exposição de acervo “Ephemera/Perpetua”, a campanha “Sinal dos Tempos” e a atualização de sua  comunicação, passando também a ser conhecido como MUPA.